新冠肺炎疫情衝擊醫療院所門診量，衛福部健保署提出三大配套方案，一為滿足現金流，先支付醫療院所九成五申報醫療費用的暫付款；二為採全年點值結算，取代每季結算；三為醫療院所全年收入低於八成，修正特別條例，補滿八成。衛福部長陳時中今表示，目前仍待行政院的最後核定，原訂是補去年1到8月，改為補到1到11月，初步編列4.55億協助受疫情影響的醫療院所。
根據健保署統計，各層級的醫療院所去年門診、住院總額與108年相比，整體減少2.7％，若依不同層級統計，醫學中心減少2.8％、區域醫院減少3.5％、地區醫院減少1.4％、西醫基層減少9.6％、牙醫總額減少2.2％、中醫總額減少3.2%。
依照不同科別統計，醫院門診量與108年相比減少最多的科別，前三名依序為小兒科與減少17.3％、急診醫學科減少13.2％、復健科減少11.2％；基層診所前三名依序為耳鼻喉科減少25.6％、小兒科減少20.1％、胸腔內科減少11.3％。
醫院門診量增加的科別前三名為血液腫瘤科成長5.9％、風濕免疫科增加2.9％、心臟血管內科增加2.7%；基層診所門診量增加前三名為內分泌科增加16.8％、精神科增加12.4％、心臟血管內科增加10.7％。
健保署署長李伯璋表示，降低醫療院所受疫情衝擊，其中第三項方案「未達八成補八成」，必須要修訂嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例，目前方案已經送到行政院，正等待最後拍板，原本規畫是補償去年1到8月，後來修改為1到11月，編列的預算增至4.55億，只要行政院拍板後，一個月內即可發放。
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