外界認為回想年初害怕新冠肺炎的民眾把恐懼化為口罩搶購潮，專家早在三月就警告，秋冬新冠肺炎與流感恐齊報到，流感疫苗搶打潮其實早可預期，台北市長柯文哲今也批今年公費流感疫苗估算錯誤。
對此，陳時中說，公費流感疫苗接種速度及需求量攸關每個族群的行動力，過去50歲至64歲民眾接種率過去沒有今年這麼高，「確實沒有料到會出現這種狀況」，至於為何今年不分階段，陳時中僅說，全面接種是希望全體公費對象施打作業縮短，以保障防禦效果即時出現。
陳時中說，暫停50歲至64歲健康成人打公費流感疫苗，是因為現在各族群施打率有些高、有些低，希望其他風險高的族群接種率可趕上來，希望每個族群都接近目標值，疫苗政策不是要讓每個人都打，是要達到群體免疫效果。若50歲至64歲很想打，可選擇自費。
據疾管署資料，65歲以上長者目標接種率為52.5％，截至目前接種率為35.6％；醫護人員目標接種率是75%，截至目前接種率為54.7%；學齡前幼兒目標接種率是55％，目前只打出24.3％；反觀50歲至64歲族群目標接種率18.7％，緩打前已達14.7%，要是繼續接種恐超過預期。
陳時中說，流感病毒是相對死亡率及傳播力都不是那麼高，防治流感疫情第一條防線是個人健康行為，接種疫苗是第二條防線，第三條線就是要靠醫療體系；疾管署署長周志浩喬掉，今年流感抗病毒藥物非常充裕，儲備230萬人份藥物備戰。
針對一一○年度流感疫苗採購所需預算已於今年三月拍板，預計明年公費流感疫苗也僅有六百多萬劑，是否因新冠肺炎疫情遙遙無期，提早加購明年度疫苗，疾管署副署長莊人祥說，將在今年接種到一段落後檢討，若評估有需要，也須交由行政院及衛福部點頭，才能增加購買數量。
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