日本、香港、南韓陸續公布新冠疫苗採購進度，台灣卻是隱晦到極點，向來以資訊公開自豪的指揮中心，在處理疫苗採購一事卻遲遲不公開，開打時程更不斷往後延，從原本明年三月，變成最快六月；加上過程缺乏公開透明，傳出有民代當藥廠門神，保密協定成了包糖衣的劇毒，恐侵蝕人民對指揮中心信任。
指揮中心處理彰化萬人血清篩檢、部分媒體擅自洩漏確診個案足跡等事件時，總採最高保密規格，動作明快，一律嚴辦。對於視為國安問題的疫苗採購，卻曖昧許多，部分媒體清楚報導採購廠牌及數量，僅以「不論媒體怎麼寫，我們都不能說。」輕輕帶過，態度差別之大，令人玩味。
「這是我們的談判底牌。」防疫團隊最高領導人陳時中面對全球疫苗搶購戰，總以擔心破局為由，含糊帶過，這般態度或許是受二○○九年搶買Ｈ１Ｎ１疫苗經驗而來，當年政府將採購數、金額全數攤牌，結果協商失敗，一劑都沒買到。
或許之前付出慘痛代價，在這場全球搶購疫苗大作戰中，指揮中心將「保密協定」奉為圭臬，唯一公開的是「拒絕中國大陸製造疫苗」；疫苗交易過程缺乏透明公開，加上疫苗預算超過百億，當然傳言不斷。
如今輝瑞／ＢＮＴ疫苗敗部復活，從東洋換另家代理商，不僅開打時間必須延後，政府還得多花十幾億元建立冷鏈、倉儲系統，這算盤怎麼打，民眾看在眼裡不免覺得疑點重重。指揮中心應該說清楚、講明白，盡速成立疫苗採購專家小組，對外宣布採購進度，以免遭譏黑箱作業，壞了形象，賠了公信力。
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