疫情大爆發，外界討論中央流行疫情指揮中心角色定位，專家指出，未來疫情不只有國內本土病例，邊境還是得繼續防守，後續疫苗大量接種更是大問題，建議指揮官的角色應該要再提升，由行政院長蘇貞昌接手，再拉高層級，讓陳時中可以專心防疫，面對下半場戰役。
前疾管局長蘇益仁建議，指揮中心應調整責任分配，因應後半場疫情，可分為三組，防疫、醫療與疫苗。建議陳時中主掌防疫，其餘醫療與疫苗由現行小組負責，指揮官由蘇貞昌接手，由行政院長溝通協調，讓陳時中專心防疫。不過，蘇揆對此未回應，陳時中則表示不便評論。
蘇益仁表示，每天看到陳時中在媒體上公布個案足跡等細節，指揮官應該主掌政策規畫，其餘由各組分工，國內疫情嚴峻，除了要降低社區感染的火持續延燒，還得在疫苗到貨前，嚴守邊境，六月後疫苗到貨，大量接種時，接種規畫也是一大問題，接續還得面對病毒變異株，是否再次採購疫苗等議題。
國民黨團總召費鴻泰昨表示，疫情日益嚴峻，中央流行疫情指揮中心指揮官由衛福部長陳時中出任恐已無法因應，應盡速恢復行政院長出任。
行政院發言人羅秉成表示，行政院接下來會檢討相關的防疫作為，各方的指教、建議都會納入考量。
費鴻泰認為，當前相關防疫作為已超過衛福部可管轄指揮，包含內政部、交通部與教育部未來應變能量都加大，疫情指揮中心指揮官應由行政院長出任，這樣後續因應疫情，須調動政府部門與資源時，才會更到位。
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